U Spomen području Jasenovac bilo je 1991. pohranjeno 14.237 muzejskih predmeta, u zbirkama dokumenata, fotografija, predmeta i umjetnina, a Muzej je imao i bogatu arhivu i dokumentacijske fondove (fonoteku, fototeku, filmoteku, videoteku, hemeroteku) te biblioteku s oko 2.500 naslova.
U izvješću promatračke misije Europske Zajednice, koja je u svibnju 1994. otpočela s očevidom stanja spomenika kulture i muzeja na okupiranom području Republike Hrvatske, navodi se da je Memorijalni muzej potpuno prazan i da nema informacija o muzejskoj građi Spomen područja Jasenovac te da spomenički prostor i spomenik u Jasenovcu nisu oštećeni.
Novi muzejski postav Memorijalnog muzeja Spomen područja Jasenovac svečano je otvoren 27. studenog 2006.
U Memorijalnom muzeju s prostorom od 350 m² nije bilo moguće izložiti svu muzejsku i arhivsku građu pohranjenu u Spomen području Jasenovac, te se pri izradi muzejskog postava pristupilo multimedijskom rješavanju i rješenju, odnosno načinu izlaganja muzealija na nekoliko različitih načina: printovi fotografija i dokumenata, izlaganje u vitrinama, digitalna prezentacija muzealija na monitorima, audio-video prezentacija iskaza sjećanja preživjelih zatočenika/ca.
Ovaj način prezentacije omogućio je da se posjetiteljima Memorijalnog muzeja Spomen područja Jasenovac ponudi više informacija i prezentira znatno više muzejskih predmeta no što bi to bilo moguće klasičnim načinom izlaganja.
Sastavni dio baze podataka i novog stalnog muzejskog postava Memorijalnog muzeja Spomen područja Jasenovac je Poimenični popis žrtava koncentracijskog logora Jasenovac 1941.-1945