Morfološki i pejzažno najizdvojeniji dio Kalnika koji se nalazi iznad izohipse od 410 metara zaštićen je 1985. godine prema Zakonu o zaštiti prirode kao "Posebni botanički rezervat Mali Kalnik". On se nalazi unutar veće, također zaštićene cjeline - značajnog krajobraza Kalnika i zauzima površinu od 5,35 hektara. U njemu se posebno ističe slikoviti, istureni, vršni stjenoviti greben Pusta Barbara. Specifičnost reljefa, sastav tla, klime, ekspozicije i hidroloških odnosa dala je i botaničku specifičnost tom lokalitetu. Tako na području "Posebnog botaničkog rezervata Mali Kalnik" uočavamo prisutnost nekih mediteranskih, ilirskih, alpskih i pontskih biljaka. Posebno su značajne biljne vrste: alpski jaglac (Primula auricula), grozdasta kamenika (Saxifraga aizoon), ljiljan zlatan (Lilium mortagon), suručica (Spirea chamaedrifolia), rašeljka (Prunus mahaleb), kalnički karanfil (Dianthus plumarius), mahovinasta merinka (Moehringia muscosa) i druge zanimljive i vrijedne vrste. Neke od njih kao npr. alpski jaglac i ljiljan zlatan spadaju u zaštićene biljne vrste prema Zakonu o zaštiti prirode. Određen broj alpskih vrsta ima također reliktni značaj, te je zastupljen kod nas samo još na nekoliko izoliranih lokaliteta. Šumske zajednice na području Malog Kalnika također su raznolike.