Okružen brežuljcima, sazdan od starih i novih kamenih kuća, niknuo je na samom rubu istoimenog zaljeva u kanalu koje bočato Prokljansko jezero povezuje sa Šibenskim zaljevom.
Uvala je okružena brežuljcima Rastovac (133 m), Križeva glava (102 m) i Glavica (147 m).
U Zaton se najlakše dolazi morskim putem. More je ovdje mirno i nikad ne iskazuje svoj bijes; ne šiba obalu, ne pjeni se, niti prijeti malim brodicama i kućama koje su u samoj blizini obale.