Posebno mjesto u šibenskom arhipelagu zauzima jedan od tri nacionalna parka Republike Hrvatske, smještena na moru – Nacionalni park „Kornati". Smješten nedaleko od otoka Murtera i životno usko povezan s njegovim stanovnicima, Nacionalni park „Kornati" danas broji oko 80ak otoka i otočića. Otoci nacionalnog parka nisu naseljeni, a izvora pitke vode na njima nema. Na otocima je moguće posjetiti brojne restorane, te marinu „Piškera" smještenu unutar granica Nacionalnog parka.

Grad Skradin, smješten u šibenskom zaleđu u neposrednoj blizini drugog nacionalnog parka Šibensko-kninske županije – Nacionalnog parka „Krka", posebno je važan za nautičare radi činjenice da se tu nalazi najbliža marina poznatim slapovima rijeke Krke.