Ostala imena i pseudonimi: Jan Panonac, Janus Vitez Pannonius, Jan Panonije, Ivan Česmički.
Otac mu je umro 1440. godine, kad je imao samo šest godina. Nakon očeve smrti se za njegov odgoj brinuo rođak Ivan Vitez od Sredne (1405.-1472.). Iako postoje razna rješenja, dosadašnja istraživanja nisu uspjela ponuditi prihvatljivo rješenje o naravi njihove rodbinske veze. Najčešće se u historiografiji koristi podatkom da je Ivan (Vitez) od Sredne bio Panonijev ujak, no to nije potpuno pouzdano. Postoji i razmišljanje o tome da je Ivan od Sredne prezime Vitez posudio od obitelji kojoj se priključio rodbinskim vezama.
Ivan Vitez od Sredne Jana Panonija kao trinaestgodišnjaka uputio je na školovanje u Italiju. Panonije je studirao najprije u Ferrari, kod Guarina Guarinija (Guarino Veronese, Guarinus Veronensis, 1374-1460). Panonije je učio klasične jezike: latinski i grčki i književnost na tim jezicima. Potom je četiri godine studirao u Padovi, postigavši doktorat kanonskog (crkvenog) prava. Za jedanaest godina provedenih u Italiji proslavio se kao pjesnik i došao u vezu s uglednim talijanskim humanistima (Galeotto Marzio, Lodovico Carbone, Giorgio Valagussa, Roberto degli Orsi).