Prvotni franjevački samostan s crkvom u Koprivnici je bio sagrađen prije 1290. godine. Izgradnju je potpomogao hrvatski ban Henrik Gissing i njegov brat Ivan. Samostan je bio u sastavu Pečuške kustodije i Ugarske provincije, a crkva je nosila titular sv. Jakova i zatim Bezgrešnog začeća Bl. Dj. Marije. Godine 1372., nakon ratnih stradanja, samostan je obnovila kraljica Elizabeta Ugarska, supruga Ludovika I. Anžuvinca (1342-1382). Godine 1561. zapisi kazuju da franjevaca više nema u Koprivnici, a njihovu je imovinu general Ivan Lenković trebao razdijeliti preostalim franjevačkim samostanima.
Godine 1603. franjevce je u Koprivnicu ponovno doveo provincijal Ugarske provincije Franjo Drašković. Fra Pavao Pribojević iz Hvara nastanio se uz negdašnju franjevačku crkvu, koja je u to doba služila kao župna crkva. Iz njegova doba sačuvane su dvije povelje. Godine 1613. franjevačku je crkvu zaposjeo svjetovni svećenik, te je nije želio napustiti, ali je zagrebački biskup Petar Petretić prihvatio odluku cara Ferdinanda III. kojom je 1644. naredio da se franjevcima vrati njihova crkva.