Samostanu je nadograđena biblioteka u XVII.st. i sjemenište teologa 1896., a crkva je barokizirana poslije potresa 6. travnja 1667.

Samostan je jedan od najvećih i najmonumentalnijih franjevačkih samostana. Ima dva klaustra: gornji (renesansni, križnih svodova i polukružnih lukova) i donji (romaničko-gotički, ornamentnih stupica heksafora, rozeta i kapitela raznih oblika: geometrijskih, biljnih, ljudskih i životinjskih) s križnim svodovima i šetnicom povrh. Mihoje Brajkov iz Bara (prva pol. XIII.st.) je gradio ovaj klaustar koji spada u najbolja romaničko-gotička ostvarenja u nas.

Ima 120 stupova i 12 masivnih pilastara. Preslikan je 1860. freskama iz života svetog Franje. Na zidu klaustra je sarkofag M. Gučetića iz XIV. st. s reljefima, a u srednjoj šetnici klaustra je fontana s likom sv. Franje. U jednom dijelu franjevačkog samostana smješten je inventar stare franjevačke apoteke Male Braće iz 1317. godine. Vrlo očuvan namještaj apoteke je iz 16. st., a vaze su iz Siene i Firence i datiraju u 15. i 16. st. Tu se nalaze razne preše, mortari i aparat za destilaciju vode iz 14. st. kao i rukopisi recepata za prigotovljavanje ljekova, precizne vage, mjerice i drugo.
U biblioteci muzeja se jos nalaze vrijedni primjerci manuskripta i korala, te vrijedne slike nepoznatih majstora, relikvija glave sv. Ursule iz 14. st. i kolekcija ex vuoto nakita.