Baraćeve špilje nalaze se oko šest kilometara istočno od Rakovice (magistralna cesta Zagreb-Split), nešto više od pola kilometra zapadno od centra sela Nova Kršlja. Ulazi u sve tri špilje na sjevernoj su strani Baraćeve Brine. U samom podnožju Brine između ulaza u špilje je izvor Baraćevac, koji s još dva manja (bez imena) tvori potok Kršlja, što se dvadesetak metara niže sjedinjuje s potokom Suvaja. Kršlja teče nekoliko kilometara kroz polje i na njegovom istočnom dijelu, nizom ponorčića, ulazi u Varićakovu špilju, gdje čini glavninu vodene mase u njenim kanalima.